海南医科大学（海南省医学科学院）档案馆成立于2008年11月12日，为学校正处级教辅机构。位于学校图书馆六楼，总建筑面积1500余平方米，其中库房面积557平方米，业务技术用房面积179平方米，对外服务用房面积65平方米。现内设综合档案室、技术管理室和学生档案管理室等三个部门。其中综合档案室负责档案收集加工、保管、利用；学生档案管理室负责在校学生档案的收集整理、毕业生档案投寄等业务；技术管理室负责档案信息化、声像档案管理等。

现馆藏有党群、行政、教学、科研、实物和声像等类档案，其中纸质档案23927卷，81473件，总排架长度641米； 电子档案137GB，照片档案6000余张；实物档案600余件。

档案馆认真遵循国家的相关标准规范，始终跟进时代的发展步伐，围绕“档案资源体系建设”“档案利用体系建设”和“档案安全体系建设”三个目标，不断改进档案工作方法，提升档案的服务水平。近年来为校内外用户提供各类档案查询利用服务量逐年递增，平均每年接待用户700余人次，查阅4000余卷次，较好地发挥了档案的参考利用及凭证价值。