《中医基础理论》课程，是由中医学的基本概念、基本理论、基本规律和基本原则，按照中医学的逻辑思维而构建的知识体系。《黄帝内经》的问世，为构架中医基础理论课程奠定了坚实的基础。随着科学的进步和社会的发展，特别是大量医疗实践经验的积累，进一步充实、完善了本课程的理论体系。所以该课程的构建吸纳了古代哲学精气、阴阳、五行学说的思维方法，系统总结了我国长期的医药学实践经验而形成的脏腑、经络、精气血津液为主的生理、病理学基础，以整体观念、辨证论治为诊疗特点的中医理论课程。该课程是学习中医学和中药学共同的理论基础。
       随着中医学专业的诞生，《中医基础理论》课程随之而开设。《中医基础理论》课程最早称为《中医基础学》，是由四门基础课程共同组成，即《中医基础理论》、《中医诊断学》、《中药学》、《方剂学》。以后随着社会的前进，科学技术的发展，学科的分化，《中药学》、《方剂学》两门课程从“中医基础学”中分化出去。分化后的中医基础理论称为“中医学基础”，该课程包括了《中医基础理论》、《中医诊断学》两门课程。自第五版《中医基础理论》教材始，《中医诊断学》进一步从中医基础理论课程中分化出去，从而形成了独立的中医基础理论课程。