导师的职责是就导师和博士生及硕士生的关系而言。从科学研究的角度看，导师的职责主要是学术职责。
导师的学术职责可以归纳为三个方面
(1)引领研究方向
博士生和硕士生在学习中遇到的最大困惑是找不到真正的科学问题。导师的首要职责是告诉学生在什么方向、抓住哪些问题开展学术研究能取得具有创新意义的成果。为此，导师必须及时跟踪本领域的最新研究进展，尽可能立足学术前沿，准确挖掘学术界亟待研究，自己的团队又有能力解决的科学问题，以便引领整个团队的研究方向。
导师对研究方向的引领一般以基金项目（或其它项目）的申请和研究作为实现载体。发现问题和找到问题的解决途径是科学研究的两个重要环节。在大科学时代，如果仅选对了方向，或挖掘到了重要科学问题，但没有合适的基金项目作为研究载体，也难以整合研究资源，从而使研究工作顺利开展。实际上，一个成功的基金申请本身就是一个好的科学问题及其可行的求解方案，通过科学问题的提示和解决方案的指引，博士生和硕士生才能开展卓有成效的研究。
(2)训练科学方法
一般来说，本科生是在一级学科下学习具体科学知识，还没有接受科学方法的专门训练；硕士生是在二级学科下进行科学研究的一般性训练，这种训练还缺乏应有的系统性和深广度；博士生则是在二级学科下的某一方向上接受系统专门的科学方法训练，以便掌握系统深入的专门知识，形成独立从事科学研究的能力。在研究方向和科学问题确定的前提下，对博士生和硕士生进行科学研究方法的系统训练，就成为导师的应尽职责。
科学方法的系统训练不是仅仅通过课程的讲授或依托基金项目的研究就能够全部实现的，它需要让学生深入参与（基金）项目申请书的撰写、项目申请入围答辩、项目研究、项目结题总结材料组织、申请专利、成果推广应用乃至奖项申报等环节的工作，从干中学习，逐步掌握科学方法的精要，从而培养学生发现问题、凝练表述问题和解决问题的能力。这就是“问题干中发现，方法练而精通”的道理。
(3)规范行为方圆
导师对学生的影响不仅仅包括方向的引领和方法的训练，还包括人格的表率和行为的示范。近年来，我国的学术生态日趋恶化，急功近利、投机取巧渐成风尚。在这种环境下，要培养出合格的人才，导师首先要通过自己的所作所为践行“求真务实，恪守诚信”的科学精神，以实现对团队的引领和教化。
导师对博士生和硕士生学术行为的规范职责仅通过自身行为的简单示范是远远不够的。导师必须在借鉴学术界通行规范的基础上，结合所带团队的特点，建立自己团队的内部规章制度，以供博士生和硕士生遵照执行，并通过定期的检查、评估和完善，逐步形成内部成文的规章，使其成为团队文化的根基，以实现对团队行为的规范。
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